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软件学院硕士研究生教学设有以下四个专业领域：

软件与网络工程系： 包括软件开发、软件体系结构与系统设计、软件质量控制与测试、系统管理与技术支持、软件项目管理，为软件学院其它专业方向开设软件工程技术基础课与核心课程。同时还包 括网络与工程、网络信息安全相关的理论和技术。培养具有网络与通信、信息安全方向扎实领域知识、能够满足通信产业和信息产业需求的高层次的、复合型软件人才。

嵌入式系统与软件系： 包括 嵌入式软件、 嵌入式软硬件协同设计、嵌入式操作系统、网页可控嵌入式系统、无线通讯协议、环绕智能等 。 教学将依托北京工业大学软件学院及嵌入式软件与系统研究所，与 Motorola、IBM、Microsoft、 Xilinx 等公司合作，为学生系统地学习嵌入式软硬件的基础知识、理论及国际上最新的嵌入式技术，提供很好的教学条件和环境。

信息与服务工程系： 研究信息系统开发、信息系统集成、软件项目监理相关的理论和技术，培养学生掌握信息系统开发、建设、管理、监理等领域知识，具有扎实的技术功底和良好的管理知识的复合 型信息系统开发、管理人才。还包括以电子业务为主并涵盖电子交易、 电子政务、 电子金融、 电子通讯等领域。主要培养学生扎实的软件理论和软件工程技术基础，软件开发与工程实践能力、项目管理能力， 培养团队合作精神与优秀的职业素养，以及相应行业的领域知识与信息化项目开发能力。

数字艺术系：培养具有扎实的计算机软件及软件工程基础，良好的艺术策划与设计基础，适应数字艺术产业发展的应用开发人才。